用作益生菌的微生物主要有乳杆菌属、双歧杆菌和非致病性酵母等。其中乳杆菌属能够产生酶，从而帮助人体消化和吸收蛋白质和糖类。双歧杆菌可以分解代谢乳糖，从而产生乳酸并合成维生素，还能够发酵一些难以消化的碳水化合物而产生短链脂肪酸。

龋齿是一种由细菌引起的多因素疾病，其特征在于牙釉质的去矿化作用由于口腔的生态系统稳定性被破坏，口腔细菌过度增殖，特别是来自变异群的链球菌群数量增多。益生菌可以黏附在牙齿表面并整合到口腔的微生态中，从而与致齲菌进行竞争并抑制它们的生长。益生菌还可以代谢糖类等营养物质而减少酸的产生，同时益生菌也可以用于牙周病及口臭的预防上。

口腔微生物与口腔健康息息相关，了解口腔生态环境的特征，掌握口腔生理状态下的活动规律，是了解口腔疾病产生的原因，也是开展人体口腔护理的基础。口腔复杂的生态环境适宜各种类型的微生物，包括需氧、兼性厌氧微生物的生长和繁殖。这些微生物所产生的酶、维生素、代谢产物反过来又会影响机体的局部甚至是全身的状态。